IL MEDIO EVO. Dopo il tranquillo periodo dei romani, risulta assai difficile trovare notizie storiche sul paese. Sappiamo che la Valsassina fu interessata da varie ondate di invasioni barbariche, ma non vi sono prove sufficienti ad affermare con certezza la presenza degli invasori sul territorio pagnonese. Al contrario rimane storicamente provato come le comunità di Premana e Pagnona siano sempre state legate alle vicende della Valsassina piuttosto che a quelle del resto della Valvarrone. Lo si rileva dai documenti del Consiglio di Valle, antico organismo di autogoverno delle libere comunità valsassinesi. Gli statuti di tale organo stabilivano, tra l'altro, i confini e la suddivisione del territorio in quattro Squadre. Pagnona apparteneva alla Squadra di Cugnolo o Chignolo che, partendo da Cortenova, era composta dalla Val Casargo e dall'alta Valvarrone. Le vicende storiche pagnonesi da questo momento in poi, coincidono con quelle valsassinesi. Col diradarsi delle pressioni barbariche sull'Italia, verso l'anno Mille, l'intera Valsassina diventa un feudo della famiglia dei Della Torre di Primaluna. Durante le lotte tra Guelfi e Ghibellini, le famiglie nobili valsassinesi sostengono un duro conflitto, provocando distruzione e morte. Non siamo in grado di sapere con certezza quanto questo periodo abbia interessato direttamente Pagnona e quali ne siano state le conseguenze. Una notizia diretta sul paese di quel tempo la troviamo nel "Liber Sanctorum Mediolani" che annovera, tra gli edifici adibiti al culto della diocesi milanese ed esistenti alla fine del XIII secolo, due chiese site nel pagnonese: quella di Sant'Andrea e quella di San Michele. La prima corrisponde all'attuale parrocchiale, della seconda, già tre secoli dopo, se ne sono perse le tracce. Un'ipotesi sulla scomparsa di questa chiesa (non facilmente dimostrabile) vuole che essa facesse parte del complesso della Torre e che sia stata distrutta con essa. Infatti il canonico Paride Cattaneo Della Torre sostiene che il fortilizio della Torre era sorto intorno al 1150 (probabilmente sui resti del vecchio punto di osservazione romano), durante le famigerate lotte tra Guelfi e Ghibellini. Una seconda congettura, probabilmente più attendibile, la vorrebbe collocata nella posizione in cui oggi si trova la cappella di San Rocco.