Nel 1490 tutti i capifamiglia di Pagnona, compresa la preziosità di avere in luogo un sacerdote, iniziavano le pratiche per distaccarsi dalla parrocchia di Margno, da cui religiosamente dipendevano, e formare una propria parrocchia; questo loro santo desiderio veniva però esaudito solo nel 1498 dall'Arcivescovo di Milano, Card. Ippolito II d'Este.
La chiesetta e l'altare venivano consacrati nel 1566 da S. Carlo Borromeo, il quale dopo l'augusta cerimonia donava alla chiesa il proprio piviale, che ora si conserva come sua preziosa reliquia.
Ma nel 1608 il nipote Card. Federico Borromeo, trovandola troppo piccola ordinava, sotto la minaccia di rimuovere il Parroco, di ricostruirla in proporzioni superiori a quelle che aveva precedentemente: da questo momento e a varie riprese s'iniziavano i continui ritocchi, ampliamenti, abbellimenti dovuti allo zelo ardente dei vari Parroci e all'amore fedele della popolazione.
Nel 1665 fu costruito il campanile, nel 1763 la sacrestia, nel 1770 l'Altare Maggiore, nel 1831 si posero sulla torre tre campane ancor oggi in uso; nel 1889 si procedette ad un primo ampliamento che venne portato a termine con grande sacrificio negli anni 1933-1937 dal compianto e venerato Parroco don Giuseppe Rattini.
Per questa sua incompletezza non si riuscì mai a compiere la consacrazione della chiesa, che era nei desideri del Servo di Dio Card. A. Ferrari.
Nel 1950 il novello Parroco la volle come prima opera da compiersi.
Per realizzare così tanti e santi desideri nel giugno 1953 la spett.le Ditta Comana di Bergamo compiva artisticamente la mensa e il pallio in marmo, armonizzandoli con la restante linea barocca.
Finalmente in questo Anno Mariano, con funzioni certamente tra le più solenni della liturgia, vero strumento sul quale la Chiesa intona il suo canto di lode al Creatore, Pagnona ha affidato alla storia religiosa della parrocchia il più grande degli avvenimenti, quello della consacrazione della Chiesa e dell'Altare.