Il paese sorge sul versante meridionale del Monte Legnone, posto a 850 metri di altitudine, nei pressi scorrono due torrenti, il Varroncello a est ed il Varrone a sud. Comune in provincia di Lecco, fa parte della Comunità Montana della Valsassina, Val Varrone, Val d'Esino e Riviera, è uno dei sei borghi della Val Varrone, confina a est con Premana, a ovest con Tremenico, a Nord con Colico e con la provincia di Sondrio. La superficie del territorio comunale e pari a Kmq 8,96. Grazie alla sua posizione geografica gode di un clima mite, infatti nella stretta gola della valle il paese è protetto su due versanti dalla catena del Legnone, su di un terzo dalle cime della muggiasca, l'unico sbocco è rappresentato dal fondo valle che si apre sul lago. Pagnona si può raggiungere in auto percorrendo le strade provinciali della Valsassina e della Val Varrone. Dista quasi 40 chilometri dal capoluogo di provincia, una ottantina dal vecchio capoluogo, Como, poco più di novanta da Milano. La stazione ferroviaria più prossima è quella di Bellano, dista circa 21 Km. ed è collegata al centro abitato grazie ad un regolare servizio di auto-pullman. In paese è presente l'ufficio postale, manca invece la farmacia, quella più vicina è sita in Premana ad una distanza di circa 2 km.